Nejdříve známé lidské osídlení v SAE pochází z období neolitu, 5500 BCE. V této počáteční fázi je důkazem interakce s vnějším světem, zejména s civilizací na severu Persie. Tyto kontakty se dále rozvíjely do všech oblastí obchodu.V prvním století před Kristem byla zahájena doprava karavanami mezi Sýrií a městy v jižním Iráku. Pro námořní cestu byl důležitým přístavem Omana (snad současnýUmm al-Qaiwain) se spojením do Indie. Tyto cesty byly alternativou k trase Rudým mořem používané Římany.
Příchod vyslanců islámského proroka Mohameda v roce 630 přinesl obrácení regionu k islámu. Po smrti proroka Mohameda, skončila jedna z hlavních bitev SAE uDibby porážkou ne-muslimů a vítězstvím islámu na Arabském poloostrově.V roce 637 byl Julfar (dnes Ra al-Khaimah) využit jako výchozí místo pro dobytí Íránu. Julfar byl po mnoho století bohatý přístav a centrum obchodu s perlami. Plachetnice z něj vyrážely na cesty po celém Indickém oceánu.
Portugalsko expandovalo do Indického oceánu na počátku 16. století po trase Vasco da Gamy a získalo díky technologické převaze nadvládu nad Persií na pobřeží Perského zálivu. Portugalsko kontrolovalo oblast 150 let v nichž si podmanilo obyvatele celého Arabského poloostrova. Vasco da Gama využíval pomoci Ahmada Ibn Majida, navigátora a kartografa z Julfaru k nalezení cesty ke koření z Asie.
V průběhu 16. století se část obyvatel Spojených arabských emirátů dostala pod přímý vliv Osmanské říše. Díky tomu byl region SAE brity nazýván také jako Pobřeží pirátů, protože piráti sídlící v této oblasti přepadali dopravní lodě evropských a arabských obchodníků. Proto se britové rozhodli v období od 17. století do 19. století k hlídkování v oblasti. Britská výprava v roce 1819 měla přinést ochranu obchodu s Indií zejména v oblasti okolo Ras al Khaimah, ale i v okolí dalších přístavů na území dnešních SAE. Příští rok, byla podepsána mírová smlouva, která byla dodržována všemi šejky na pobřeží. Bitvy na moři pokračovaly přerušovaně až do roku 1835. V roce 1853, podepsali smlouvu s brity, v jejímž se rámci Šejkové (dále jen "Smluvní šejcháty") dohodli na trvalém námořním příměří. Bylo to pod patronací Spojeného království, případné spory mezi šejky se řešily dle britského práva.
Především v reakci na ambice ostatních evropských zemí byly Spojeným královstvím a Smluvními šejcháty uzavřeny v roce 1892 podobné smlouvy s ostatními vládci v Perském zálivu. Šejkové souhlasili, že nebudou uzavírat žádné dohody a vstupovat do vztahů bez vědomí a souhlasu Británie. Na oplátku, britové slíbili chránit Smluvní šejcháty na moři a také pomoc v případě napadení země. Britská potlačení pirátství znamenalo, že flotily s perlami mohly plout v relativním bezpečí. Negativní stránkou nicméně je, že Britský zákaz obchodu s otroky znamenal pro šejky významný úbytek zdroje příjmů.
Na počátku roku 1960 prováděly první týmy ropné společnosti předběžné průzkumy. První náklad ropy byl vyvezen z Abu Dhabi v roce 1962. Díky rostoucím příjmům z ropy se vládce Abu Dhabi, Sheikh Zayed bin Sultan Al Nahyan pustil do masivní programu budování škol, bydlení, nemocnic a silnic. Díky exportu ropy z Dubaje od roku 1969, zahájil vládce emirátu Dubaj Sheikh Rashid bin Saeed Al Maktoumstejný program rozvoje s cílem zlepšit kvalitu života svého lidu.
Počátkem 1960 byla objevena ropa v Abu Dhabi. Tato událost vedla k rychlému sjednocení a požadavku šejků na založení SAE. Sheikh Zayed bin Sultan AlNahyan se stal vládcem Abu Dhabi v roce 1966. Britové pociťovali ztrátu ropných investic a smluv na ropu v Americe. Již dříve britové založili úřad, který pomáhal při založení Spojených arabských emirátů. Šejkové ze Spojených arabských emirátů se poté rozhodli vytvořit Radu pro koordinaci záležitostí mezi nimi. Součástí původních dohod byl také Katar a Bahrajn. Po vypršení smlouvy Smluvních šejchátů v roce 1971 se Spojeným královstvím se Bahrajn i Katar rozhodli stát nezávislými státy. Vládci Abu Dhabi a Dubaj se rozhodli vytvořit unii mezi jejich dvěma emiráty a samostatně připravit ústavu. Poté nabídli vládcům dalších 5 emirátů možnost připojení se. Ústava byla podepsána 2.12.1971 a ve stejný den souhlasily další čtyři emiráty se vstupem do unie s názvem Spojené arabské emiráty. Ras Al Khaimah-přistoupily později, na počátku roku 1972.
Po teroristickém útoku na Spojené státy 11.9. byly Spojené arabské emiráty identifikovány jako hlavní finanční centrum Al-Káidy díky převodům peněz únosci (dva z 9 / 11 únosců, Marwan al-Shehhi a Fayez Ahmed Bannihammad, kteří havarovali s letem United175 do jižní věže World Trade Center byli občany SAE).Vláda SAE okamžitě spolupracovala s USA, zmrazila účty spojené s podezřelými z terorismu a silně se zaměřlla na potírání praní špinavých peněz. SAE podporovaly vojenské operace Spojených států a koalice států, které jsou zapojeny do války proti Talibanu v Afghánistánu (2001) a Saddámu Husajnovi v Iráku (2003), stejně jako operace na podporu globální války proti terorismu pro oblast Afrického rohu na letecké základně Al Dhafra nacházející se mimo Abu Dhabi. Letecká základna také podpořila spojenecké operace ve válce v Perském zálivu v průběhu roku 1991. Dohody o vojenské obraně s USA byly podepsány již vroce 1994 a s Francií v roce 1995.
První prezident SAE, Sheikh Zayed bin Sultan Al Nahyan, zemřel 2. listopadu 2004. Jeho nejstarší syn, Sheikh Khalifa bin Zayed Al Nahyan, uspěl jako vládce AbuDhabi. V souladu s ústavou SAE byl nejvyšší radou vládců zvolen Khalifa jako prezident. Sheikh Mohammad bin Zayed Al Nahyan Khalifa, korunní princ AbuDhabi byl poté zvolen novým prezidentem SAE. V lednu 2006 zemřel premiér Spojených arabských emirátů a vládce emirátu Dubaj Sheikh Maktoum bin RashidAl Maktoum. Novým vládcem Dubaje a premiérem SAE se stal korunní princ šejk Mohammed bin Rashid Al Maktoum.